在国家能源局机构重组、职能转变的大趋势下，其内设机构职能交叉的问题也纳入统筹考虑范畴。
据知情人士透露，能源局内部对煤层气行业管理可能出现调整，行业管理权限或由煤炭司转移至油气司。
按照当前机构职责划分，能源局煤炭司负责煤层气（煤矿瓦斯）管理，并承担煤矿瓦斯防治部际协调领导小组的具体工作，协调有关部门开展煤层气开发、煤矿瓦斯治理和利用工作。
而石油天然气司负责管理石油、天然气项目规划布局，以及对管道项目、油气对外合作区块的审核。这些油气项目不包括煤层气在内。
煤层气企业人士认为，煤炭司侧重煤炭项目管理，用管理煤炭的思路发展煤层气。目前，我国煤层气距离商业化还有很大距离，煤炭与煤层气伴生，二者之间存在的矿权重叠问题一直没有得到较好解决，影响行业发展。
全国煤矿瓦斯防治部际协调领导小组第十次会议数据显示，2012年煤层气（煤矿瓦斯）抽采量141亿立方米、利用量58亿立方米，而原先的既定目标分别是抽采量155亿立方米，利用量80亿立方米。
由于煤层气开发从煤炭治理角度出发，煤矿井下瓦斯抽采增长速度和规模一直高于地面煤层气抽采。2012年官方数据井下瓦斯抽采量114亿立方米，地面煤层气产量27亿立方米。
